После гражданской войны подворье хотя и перестаёт существовать как монастырь, но служат в нём иеромонахи в основном преклонного возраста (так Филарету (Быстрову) - 77 лет, а Кириллу (Килину) - 61 год), о прежних его насельниках сведений нет.
Около подворья располагалось монастырское кладбище. Среди похороненных на кладбище - сын известного шарканского заводчика Михаила Родыгина, монах Никанор. Его мать после смерти мужа, Михаила Ивановича Родыгина, приняла монашество с именем София, а в сентябре 1924 года, обратилась к сарапульскому епископу с желанием принять схиму в Воткинском подворье. При этом указывала, что принадлежащая им чудотворная икона Пресвятой Богородицы «Скоропослушница», находящаяся при ней, должна остаться в Воткинске и после её смерти. Икона действительно находилась в этой церкви, по крайней мере, какое-то время (на имеющейся фотографии она лежит на аналое).
После закрытия Благовещенского собора всё священство и сохранившиеся церковная утварь и иконы перешли в этот храм. При чем первое время «разумея под данной церковью Благовещенский собор». Весь период церковных смут прежнее монастырское подворье оставалось оплотом для тех, кто оставался верным Св. Патриарху Тихону. А после закрытия в 1933 году Никольской церкви, был единственным «тихоновским» храмом в городе.
В 1941 году, буквально перед войной, церковь закрывается. Но в мае 1943 года в ней вновь возобновляются богослужения. Священник о. Михаил Лукин за церковно–патриотическую деятельность в годы Великой Отечественной войны награждается медалью.
В 1961 году власти, посчитав, что два храма на город многовато, эту церковь закрыли (оставив один храм в городе, Преображенский). К 1 апреля этого же года храм уничтожается. Священник о. Анатолий Пинегин не смог перенести этого, скончавшись от сердечного приступа. Всё имущество, в том числе и иконы, было передано в Преображенский храм. Среди переданных икон известные иконы Благовещенского собора (Владимирская, Дмитрия Ростовского), но нет чудотворной иконы Пресвятой Богородицы «Скоропослушница». Икона эта остаётся у монахини Дорофеи, служившей долгие годы при храме.
В 1965 году на месте монастырского подворья и кладбища монахов была построена музыкальная школа.
В 1998 году по инициативе директора музыкальной школы В.Б. Сычёва на территории школы установлен памятный крест.